物理所设有物理学、材料科学与工程等两个专业一级学科博士研究生培养点，材料工程、光学工程、集成电路工程等三个专业学位硕士研究生培养点，并设有物理学专业一级学科博士后流动站。2002年，据"全国学位与研究生教育发展中心"首次公布的12个一级学科整体评估排名，物理所在物理学科中排名第一。2006年，物理所再次在物理学一级学科中排名第一。